Внебюджетная деятельность государственного учреждения «Государственная администрация водного транспорта» осуществляется на основании Бюджетного кодекса Республики Беларусь, постановления Совета Министров Республики Беларусь от 19 июля 2013 г. № 641 «О внебюджетных средствах бюджетных организаций», постановления Министерства финансов Республики Беларусь от 30 января 2009 г. № 8 «О бюджетных сметах, сметах доходов и расходов внебюджетных средств бюджетных организаций».